AIKraft/AI/Войти
AIKraft/Skills/tamarind

tamarind

Предоставляет доступ к инструментам молекулярного дизайна и структурной биологии (AlphaFold, RFdiffusion, DiffDock) через REST API или MCP сервер Tamarind Bio. Используйте, когда нужно запустить эти модели в облаке без локальных GPU, указать x-api-key или отправить пакеты последовательностей.

KDK-Dense official Данные ★ 47.8k

Что делает навык

Предоставляет доступ к инструментам молекулярного дизайна и структурной биологии (AlphaFold, RFdiffusion, DiffDock) через REST API или MCP сервер Tamarind Bio. Используется для запуска этих моделей в облаке без локальных GPU, что позволяет выполнять предсказание структур, дизайн белков и докинг.

Когда применять

  • Предсказание структуры белка или комплекса (AlphaFold, Boltz, Chai).
  • Дизайн биндеров, мотивов или инверсный фолдинг (Bindcraft, ProteinMPNN).
  • Докинг малых молекул к рецептору (AutoDock Vina, DiffDock).
  • Генерация множественного выравнивания последовательностей (MSA) и моделирование молекулярной динамики.

Как работает

  1. Получить API-ключ из переменной окружения TAMARIND_API_KEY и отправить его в заголовке x-api-key.
  2. Выполнить обнаружение инструментов через GET /tools или GET /tools.json, чтобы найти подходящий инструмент по описанию.
  3. Прочитать схему настроек через GET /tools/{name}/schema и валидировать их через POST /validate-job.
  4. Загрузить входные файлы (например, PDB) через PUT /upload/{filename} или использовать готовые файлы.
  5. Отправить задачу на выполнение через POST /submit-job, получив имя сохраненной задачи.
  6. Опросить статус через GET /jobs?jobName=... до получения терминального состояния (Complete, Stopped, Failed).

Примеры запросов агенту

Предскажи структуру белка с помощью AlphaFold через Tamarind Bio.
Запусти дизайн биндера с использованием RFdiffusion в облаке.
Выполни докинг лиганда к рецептору через DiffDock, используя REST API Tamarind.

Что понадобится

  • Действующий ключ API Tamarind Bio (TAMARIND_API_KEY).
  • Доступ к интернету для взаимодействия с REST API (app.tamarind.bio/api) или MCP сервером (mcp.tamarind.bio/mcp).
  • Учетная запись Tamarind Bio с достаточным бюджетом или лимитом использования.

Описание составлено по SKILL.md навыка, сверено 08.10.2026.

Как подключить

1Скачать навык
# возьмите папку навыка «tamarind» из репозитория: # https://github.com/k-dense-ai/scientific-agent-skills
2Положить папку с SKILL.md к навыкам ассистента
# положите папку навыка туда, где ассистент ищет skills: cp -r tamarind/ ~/.claude/skills/tamarind/

Навык — папка с файлом SKILL.md (описание + инструкции) и опциональными скриптами. Ассистент (Claude, Claude Code и совместимые) подхватывает его по описанию и следует шагам.