AIKraft/AI/Войти
AIKraft/Skills/ontology-term-resolution

ontology-term-resolution

Разрешает текстовые метки в ID терминов онтологий и валидирует CURIE через EBI OLS4, Bioregistry, Identifiers.org, ZOOMA и Ontobee. Полезно при аннотации данных (UBERON, CL, MONDO, HPO, EFO, ChEBI, NCBITaxon, GO, PATO), подготовке метаданных для GEO, ENA, BioSamples, CELLxGENE, HCA, ISA-Tab и проверке устаревших терминов.

KDK-Dense official Данные ★ 47.8k

Что делает навык

Разрешает текстовые метки в идентификаторы терминов онтологий и валидирует CURIE через OLS, Bioregistry, Identifiers.org, ZOOMA и Ontobee. Предотвращает ошибки аннотации данных, проверяя актуальность терминов, соответствие онтологий и правильность префиксов.

Когда применять

  • Аннотация метаданных для GEO, ENA, BioSamples, CELLxGENE, HCA и ISA-Tab.
  • Проверка устаревших терминов и замена их на актуальные идентификаторы.
  • Валидация таблиц с идентификаторами онтологий (UBERON, CL, MONDO, HPO, EFO, ChEBI, NCBITaxon, GO, PATO).
  • Разрешение лабораторных сокращений (например, PBMC, WT) с последующей валидацией.

Как работает

  1. Использовать resolve_terms.py для поиска терминов по тексту с указанием целевой онтологии.
  2. Применить validate_terms.py для проверки существования, статуса (ok/obsolete/not_found) и соответствия меток идентификаторам.
  3. Использовать lookup_prefix.py для проверки корректности префиксов, паттернов и страниц назначения (landing pages).
  4. Применить map_terms.py через ZOOMA для поиска кандидатов по лабораторным сокращениям, затем валидировать их через OLS.
  5. Проверять match_type (exact_label, synonym и др.) и статус obsolete, не доверяя результатам поиска без проверки через term detail.

Примеры запросов агенту

Разреши текстовую метку 'liver' в идентификатор онтологии UBERON.
Валидируй список CURIE из файла metadata.tsv, требуя строгого соответствия онтологии.
Проверь, является ли префикс 'HP' корректным и каков его канонический формат в Bioregistry.

Что понадобится

  • Скрипты из директории scripts (resolve_terms.py, validate_terms.py, lookup_prefix.py, map_terms.py).
  • Доступ к API OLS4, Bioregistry, Identifiers.org, ZOOMA и Ontobee.
  • Стандартная библиотека Python (дополнительные пакеты не требуются).

Описание составлено по SKILL.md навыка, сверено 08.10.2026.

Как подключить

1Скачать навык
# возьмите папку навыка «ontology-term-resolution» из репозитория: # https://github.com/k-dense-ai/scientific-agent-skills
2Положить папку с SKILL.md к навыкам ассистента
# положите папку навыка туда, где ассистент ищет skills: cp -r ontology-term-resolution/ ~/.claude/skills/ontology-term-resolution/

Навык — папка с файлом SKILL.md (описание + инструкции) и опциональными скриптами. Ассистент (Claude, Claude Code и совместимые) подхватывает его по описанию и следует шагам.