AIKraft/AI/Войти
AIKraft/Skills/ncats-arax

ncats-arax

Запросы к NCATS Translator ARAX production API для поиска биомедицинских связей (one-hop и two-hop) с проверкой происхождения данных. Подходит для поиска по Biolink, нормализации сущностей и анализа источников. Не используйте для выводов, клинических рекомендаций или чувствительных данных.

KDK-Dense official Данные ★ 47.8k

Что делает навык

Skill обеспечивает работу с NCATS Translator ARAX production API как с ограниченным сервисом поиска по графу знаний. Он позволяет выполнять нормализацию сущностей, запросы one-hop и two-hop с проверкой происхождения данных (provenance) и сохранением точной структуры TRAPI.

Когда применять

  • Поиск биомедицинских связей между сущностями (например, лекарство-ген или лекарство-болезнь) с использованием CURIE и типов Biolink.
  • Нормализация текстовых названий в канонические идентификаторы (CURIE) и категории без запуска графовых запросов.
  • Анализ источников данных и проверка происхождения найденных связей через поля source и aggregator.
  • Федеративный поиск с использованием конкретных провайдеров (например, RTX-KG2, MolePro) вместо стандартного RTX-KG2.

Как работает

  1. Выполнить preflight-проверку через arax_client.py для подтверждения доступности API и версии TRAPI.
  2. Нормализовать входной текст в CURIE и категорию Biolink, используя команду normalize, и проверить результаты.
  3. Сформировать запрос one-hop (с закрепленными узлами) или two-hop (с одним промежуточным узлом), указав типы, предикаты и квалификаторы.
  4. При необходимости использовать режим federation с явным указанием 2–5 провайдеров через флаг --kp.
  5. Проанализировать сохраненные файлы summary.json и response.json, обращая внимание на bindings, provenance и предупреждения.
  6. Верифицировать важные кандидаты независимо через литературу и авторитетные базы, не полагаясь на ARAX как на источник истины.

Примеры запросов агенту

Найди связь между малой молекулой CHEBI:31690 и геном NCBIGene:25 через предикат affects, используя один хоп.
Нормализуй термин 'ivacaftor' как SmallMolecule и покажи канонический идентификатор.
Выполни двухшаговый поиск от молекулы CHEBI:66901 к болезни MONDO:0009061 через промежуточный узел типа Gene с расширением right-first.

Что понадобится

  • Доступ к интернету для обращения к NCATS ARAX production API.
  • Python-клиент arax_client.py из репозитория skills/ncats-arax/scripts.
  • Соблюдение правил безопасности: не использовать персональные данные, конфиденциальные исследования или клинические рекомендации.

Описание составлено по SKILL.md навыка, сверено 08.10.2026.

Как подключить

1Скачать навык
# возьмите папку навыка «ncats-arax» из репозитория: # https://github.com/k-dense-ai/scientific-agent-skills
2Положить папку с SKILL.md к навыкам ассистента
# положите папку навыка туда, где ассистент ищет skills: cp -r ncats-arax/ ~/.claude/skills/ncats-arax/

Навык — папка с файлом SKILL.md (описание + инструкции) и опциональными скриптами. Ассистент (Claude, Claude Code и совместимые) подхватывает его по описанию и следует шагам.