AIKraft/AI/Войти
AIKraft/Skills/scientific-pkg-gget

scientific-pkg-gget

gget CLI и Python-пакет для быстрого поиска в геномных базах данных, поиска последовательностей, BLAST-подобных запросов и проверки обогащения. Используйте, когда нужен быстрый биоинформатический поиск по геномным справочным базам данных с помощью gget CLI или Python-пакета.

affaan-m official Данные ★ 277.9k

Что делает навык

gget — это CLI-инструмент и Python-пакет для быстрого биоинформатического поиска в геномных справочных базах данных, включая поиск последовательностей, BLAST-подобные запросы и проверку обогащения. Он позволяет получать метаданные генов, последовательности, ссылки на референсные геномы и данные о структуре белков через единый интерфейс.

Когда применять

  • Поиск идентификаторов Ensembl, метаданных генов, деталей транскриптов или последовательностей.
  • Выполнение быстрых BLAST или BLAT запросов без настройки полноценного локального конвейера.
  • Получение ссылок на загрузку референсных геномов и аннотаций из Ensembl.
  • Запрос данных о структуре белков, путях, онкологии, экспрессии или ассоциациях с заболеваниями.
  • Создание воспроизводимого первичного журнала доказательств перед использованием тяжелых инструментов, таких как Biopython, Snakemake или BLAST+.

Как работает

  1. Установить gget в чистую среду Python (через pip или uv) и убедиться в актуальности версии.
  2. Определить вид, сборку, тип идентификатора гена и необходимую базу данных.
  3. Проверить текущую документацию модуля для уточнения аргументов.
  4. Выполнить небольшой тестовый запрос.
  5. Сохранить вывод в файл с явным именем и датой.
  6. Записать название модуля, версию, аргументы и предположения о базе данных для воспроизводимости.

Примеры запросов агенту

Найди гены, связанные с BRCA1 и починкой ДНК у человека, и сохрани результат в JSON.
Получи метаданные для идентификатора Ensembl ENSG00000012048.
Запусти быстрый BLAST-запрос для последовательности MEEPQSDPSVEPPLSQETFSDLWKLLPEN с лимитом 10 результатов.

Что понадобится

  • Чистая среда Python (venv или uv).
  • Установленный пакет gget (python -m pip install gget).
  • Доступ к интернету для запросов к upstream-базам данных.

Описание составлено по SKILL.md навыка, сверено 14.10.2026.

Как подключить

1Скачать навык
# возьмите папку навыка «scientific-pkg-gget» из репозитория: # https://github.com/affaan-m/ecc
2Положить папку с SKILL.md к навыкам ассистента
# положите папку навыка туда, где ассистент ищет skills: cp -r scientific-pkg-gget/ ~/.claude/skills/scientific-pkg-gget/

Навык — папка с файлом SKILL.md (описание + инструкции) и опциональными скриптами. Ассистент (Claude, Claude Code и совместимые) подхватывает его по описанию и следует шагам.