biomcp

MCP-сервер биомедицинских исследований с доступом к PubMed, ClinicalTrials.gov и MyVariant.info.

GEGenomoncology Локальный Bio ★ 658

Что это

MCP-сервер биомедицинских исследований с доступом к PubMed, ClinicalTrials.gov и MyVariant.info.

1Установить и запустить в терминале

docker run --rm ghcr.io/genomoncology/biomcp --version

2Добавить в конфиг MCP-клиента (mcp.json / claude_desktop_config.json)

{ "mcpServers": { "biomcp": { "command": "docker", "args": [ "run", "--rm", "ghcr.io/genomoncology/biomcp", "--version" ] } } }

Вставьте блок в конфиг клиента (Claude Desktop, Claude Code, Cursor, VS Code, Cline). Команда и package собраны из полей официального MCP Registry.

v0.9.318 октября 2026 г.

Добавлен поиск в дополнениях статей, улучшена пакетная загрузка PDF, интегрирован NCBI LitVar2, введено отключение источников и кэширование запросов.

НовоеКоманда article supplement-search ищет текст в дополнениях статей (xlsx, pdf, docx и др.) с точной локализацией совпадений и контролем размера.
НовоеПакетная загрузка статей через batch article теперь использует единый лимитер Semantic Scholar для скачивания PDF, что ускоряет обработку больших списков.
НовоеПоиск статей по вариантам (variant articles) расширен за счет интеграции NCBI LitVar2, что позволяет находить публикации, упущенные другими источниками.
НовоеВведены флаги --disable-sources и переменная BIOMCP_DISABLE_SOURCES для полного отключения любых источников или групп источников.
НовоеЗапросы к GWAS Catalog и openFDA теперь кэшируются на сутки, что снижает количество сетевых запросов при повторных вызовах.
ИсправленоИсправлена работа HTTP-кэша при параллельных запусках и улучшена обработка ошибок невалидных настроек кэширования.

v0.9.016 сентября 2026 г.Ломает совместимость

Важные изменения в поиске клинических испытаний, обновлённые данные популяций gnomAD v4 и новые возможности работы с цитированием статей.

Ломает совместимостьПоиск клинических испытаний теперь требует явного указания статуса (recruiting или active_not_recruiting), отказываясь от неоднозначного active.
Ломает совместимостьЗаменены поля популяционных данных вариантов: теперь используется gnomAD v4 (GRCh38) с отдельными полями для частот, подсчётов и фильтров качества.
ИсправленоИсправлен поиск в ClinicalTrials.gov: дефисные термины (anti-PD-1, CAR-T) теперь корректно сопоставляются с реестром без лишнего экранирования.
НовоеДобавлена точная нулевая отчётность: если регистрация отклоняет все найденные испытания, вывод указывает причину и предлагает смягчить критерии.
НовоеРасширены возможности работы с цитированием: добавлен кэш для статей, новый статус подтверждения ссылок без доступа к тексту и поиск по ключевым словам.

v0.8.258 июля 2026 г.

Выпуск v0.8.25: автоматизация Homebrew, публикация Docker-образов, генератор конфигурации MCP и стабилизация маршрутизации.

НовоеДобавлена автоматизация публикации Homebrew-формулы и Docker-образов через CI.
НовоеВнедрен генератор biomcp mcp-config для упрощения настройки локальных MCP-клиентов.
НовоеОпубликована официальная метаданных MCP Registry с уточнением различий пакетов.
НовоеИнструменты MCP аннотированы заголовками и пометками read-only для безопасного отображения.
ИсправленоИсправлена маршрутизация MCP, стабилизирована работа с динамическими портами.
ИсправленоУстранены ошибки парсинга JSON, улучшена обработка результатов поиска и CLI-латентность.

v0.8.2424 июня 2026 г.

Релиз v0.8.24 репозитория genomoncology/biomcp.

Все релизы на GitHub → Пересказ на русском — по заметкам к релизам и коммитам.