AIKraft Agents
ВойтиТарифы и покупка

genomoncology/biomcp

BioMCP: Протокол контекста модели для биомедицины

MCP⭐ 674Rustпоследний релиз: v0.9.3
Открыть на GitHub ↗Сайт проекта ↗

Что это за инструмент

BioMCP — это единый CLI-инструмент и MCP-сервер для унифицированного поиска и анализа биомедицинских данных через один язык запросов.

Зачем нужен

Инструмент решает проблему фрагментации биомедицинских источников, позволяя исследователям и агентам искать литературу, гены, варианты и препараты без переключения между разными API. Он обеспечивает сквозной анализ: от первоначального поиска до локальной статистики и построения карт доказательств.

Что можно реализовать

  • Кросс-сущностный поиск: поиск статей, генов и заболеваний в одном запросе (например, BRAF и меланома).
  • Локальный анализ когорт: выживание, сравнение и ко-встречаемость на данных в формате cBioPortal с генерацией графиков.
  • Автоматизация агентов: интеграция с Claude Code, Codex или другими MCP-клиентами для автономных биомедицинских расследований.
  • Построение карт доказательств: автоматический сбор цитирований, ссылок и сущностей из одной известной статьи.

Ключевые возможности

  • Единая грамматика команд для всех сущностей (gene, variant, article, trial, drug, diagnostic).
  • Встроенные плейбуки: команда suggest маршрутизирует вопросы к готовым примерам и стартовым командам.
  • Поддержка MCP-протокола для интеграции с AI-агентами (stdio и HTTP серверы).
  • Параллельные запросы (batch) и обогащение наборов генов (enrich) через g:Profiler.
  • Работа с живыми публичными данными (PubMed, ClinVar, MyGene.info) и локальными файлами.

👤 Кому подойдёт: биомедицинские исследователи, клиницисты, разработчики AI-агентов и LLM-приложений

Релизы

v0.9.3minor
🕐 18 дн назад · релиз на GitHub ↗

Добавлен поиск в дополнениях статей, улучшена пакетная загрузка PDF, интегрирован NCBI LitVar2, введено отключение источников и кэширование запросов.

  • Added: Команда article supplement-search ищет текст в дополнениях статей (xlsx, pdf, docx и др.) с точной локализацией совпадений и контролем размера.
  • Added: Пакетная загрузка статей через batch article теперь использует единый лимитер Semantic Scholar для скачивания PDF, что ускоряет обработку больших списков.
  • Added: Поиск статей по вариантам (variant articles) расширен за счет интеграции NCBI LitVar2, что позволяет находить публикации, упущенные другими источниками.
  • Added: Введены флаги --disable-sources и переменная BIOMCP_DISABLE_SOURCES для полного отключения любых источников или групп источников.
  • Added: Запросы к GWAS Catalog и openFDA теперь кэшируются на сутки, что снижает количество сетевых запросов при повторных вызовах.
  • Fixed: Исправлена работа HTTP-кэша при параллельных запусках и улучшена обработка ошибок невалидных настроек кэширования.
v0.9.0majorbreaking
🕐 1 мес назад · релиз на GitHub ↗

Важные изменения в поиске клинических испытаний, обновлённые данные популяций gnomAD v4 и новые возможности работы с цитированием статей.

  • Breaking: Поиск клинических испытаний теперь требует явного указания статуса (recruiting или active_not_recruiting), отказываясь от неоднозначного active.
  • Breaking: Заменены поля популяционных данных вариантов: теперь используется gnomAD v4 (GRCh38) с отдельными полями для частот, подсчётов и фильтров качества.
  • Fixed: Исправлен поиск в ClinicalTrials.gov: дефисные термины (anti-PD-1, CAR-T) теперь корректно сопоставляются с реестром без лишнего экранирования.
  • Added: Добавлена точная нулевая отчётность: если регистрация отклоняет все найденные испытания, вывод указывает причину и предлагает смягчить критерии.
  • Added: Расширены возможности работы с цитированием: добавлен кэш для статей, новый статус подтверждения ссылок без доступа к тексту и поиск по ключевым словам.
v0.8.25minor
🕐 4 мес назад · релиз на GitHub ↗

Выпуск v0.8.25: автоматизация Homebrew, публикация Docker-образов, генератор конфигурации MCP и стабилизация маршрутизации.

  • Added: Добавлена автоматизация публикации Homebrew-формулы и Docker-образов через CI.
  • Added: Внедрен генератор biomcp mcp-config для упрощения настройки локальных MCP-клиентов.
  • Added: Опубликована официальная метаданных MCP Registry с уточнением различий пакетов.
  • Added: Инструменты MCP аннотированы заголовками и пометками read-only для безопасного отображения.
  • Fixed: Исправлена маршрутизация MCP, стабилизирована работа с динамическими портами.
  • Fixed: Устранены ошибки парсинга JSON, улучшена обработка результатов поиска и CLI-латентность.
v0.8.24patch
🕐 4 мес назад · релиз на GitHub ↗

Релиз v0.8.24 репозитория genomoncology/biomcp.

  • Выпущена версия v0.8.24 проекта biomcp.