genomoncology/biomcp

Что это за инструмент

BioMCP — это единый CLI-инструмент и MCP-сервер для унифицированного поиска и анализа биомедицинских данных через один язык запросов.

Зачем нужен

Инструмент решает проблему фрагментации биомедицинских источников, позволяя исследователям и агентам искать литературу, гены, варианты и препараты без переключения между разными API. Он обеспечивает сквозной анализ: от первоначального поиска до локальной статистики и построения карт доказательств.

Что можно реализовать

• Кросс-сущностный поиск: поиск статей, генов и заболеваний в одном запросе (например, BRAF и меланома).
• Локальный анализ когорт: выживание, сравнение и ко-встречаемость на данных в формате cBioPortal с генерацией графиков.
• Автоматизация агентов: интеграция с Claude Code, Codex или другими MCP-клиентами для автономных биомедицинских расследований.
• Построение карт доказательств: автоматический сбор цитирований, ссылок и сущностей из одной известной статьи.

Ключевые возможности

• Единая грамматика команд для всех сущностей (gene, variant, article, trial, drug, diagnostic).
• Встроенные плейбуки: команда suggest маршрутизирует вопросы к готовым примерам и стартовым командам.
• Поддержка MCP-протокола для интеграции с AI-агентами (stdio и HTTP серверы).
• Параллельные запросы (batch) и обогащение наборов генов (enrich) через g:Profiler.
• Работа с живыми публичными данными (PubMed, ClinVar, MyGene.info) и локальными файлами.

👤 Кому подойдёт: биомедицинские исследователи, клиницисты, разработчики AI-агентов и LLM-приложений